Ekseriyetle, genel oranda vergi ödenerek temin edilen girdilerden üretilen mal veya hizmetlerin indirimli oranda vergi uygulanmak suretiyle teslim edilmesi halinde, hesaplanan vergi her zaman genel oranlı girdiler nedeniyle ödenen verginin indirimi için yeterli olmamaktadır.

Bu durumda, mükelleflerin vergi yükünden arındırılabilmesi amacıyla, Cumhurbaşkanı tarafından vergi oranları indirilen teslim ve hizmetlerle ilgili olup teslim ve hizmetin gerçekleştiği vergilendirme döneminde indirilemeyen ve tutarı Cumhurbaşkanınca (Bakanlar Kurulunca) tespit edilen sınırı aşan kısmı mükelleflerin isteğine bağlı olarak nakden veya mahsuben iade edilebilmektedir.

Konuyla ilgili olarak 3065 sayılı Katma Değer Vergisi Kanunu’nun; “Vergi İndirimi” başlığını taşıyan 29 uncu maddesinin 2 nci fıkrasında; "Bir vergilendirme döneminde indirilecek katma değer vergisi toplamı, mükellefin vergiye tâbi işlemleri dolayısıyla hesaplanan katma değer vergisi toplamından fazla olduğu takdirde, aradaki fark sonraki dönemlere devrolunur ve iade edilmez. Şu kadar ki, 28 inci madde uyarınca Cumhurbaşkanı tarafından vergi nispeti indirilen teslim ve hizmetlerle ilgili olup indirilemeyen ve tutarı Cumhurbaşkanınca tespit edilecek sınırı aşan vergi, bu mükelleflerin vergi ve sosyal sigorta prim borçları ile genel ve katma bütçeli idareler ile belediyelere olan borçlarına ya da döner sermayeli kuruluşlar ile sermayesinin % 51'i veya daha fazlası kamuya ait olan veya özelleştirme kapsamında bulunan işletmeler ile organize sanayi bölgelerinden temin ettikleri mal ve hizmet bedellerine ilişkin borçlarına mahsuben ödenir. Ancak mahsuben iade edilmeyen vergi, Maliye Bakanlığınca belirlenen sektörler, mal ve hizmet grupları ve dönemler itibarıyla yılı içinde nakden iade edilebilir. Yılı içinde mahsuben iade edilemeyen vergi izleyen yıl içinde talep edilmesi şartıyla nakden veya mükellefin yukarıda sayılan borçlarına mahsuben iade edilir. (…)” hükmü amirdir.

Mezkûr maddenin devamında, Cumhurbaşkanı’nın, vergi nispeti indirilen mal ve hizmet grupları ile sektörler itibarıyla, iade hakkını kısmen veya tamamen ya da amortismana tabi iktisadi kıymetler dolayısıyla yüklenilen KDV ile sınırlı olmak üzere kaldırmaya yetkili olduğu; Hazine ve Maliye Bakanlığı’nın ise bu fıkranın uygulanmasına ilişkin usul ve esasları belirlemeye yetkili olduğu hüküm altına alınmıştır.

4) Yıllar İtibariyle Uygulanan İade Sınırı ve Yaşanan Sorun:

Önceki uygulamada Bakanlar Kurulu, yıllar itibariyle Kanun’un verdiği yetkisini kullanırken ya doğrudan bir limit belirlemiş ya da daha önce belirlenen limitin o yıl için belirlenmiş olan yeniden değerleme oranında artırılmasını kararlaştırmıştır.

Keza, Hazine ve Maliye Bakanlığı tarafından da sözü edilen yetkiye istinaden, süreç içinde indirimli oranda vergiye tabi işlemlerle ilgili indirim ve iadeye ilişkin usul ve esasların belirlendiği çok sayıda Genel Tebliğ ve Sirküler yayımlamış bulunmaktadır.